“觉醒协议”尚未发射，但苏婉的记忆已经开始自行复苏——这是苏城事先埋下的种子程序。主脑察觉到了异常，切断了苏婉的神经连接，她瘫倒在直升机甲板上。与此同时，全球的神经接口网络突然同步启动，净化日提前开始。林默不再犹豫，将觉醒协议的最终版本上传至发射器。信号以电磁波的形式，通过信号塔传遍整个新京城，再经由地下光缆扩散至全球。所有被校准过的人同时接收到了一段代码，他们的大脑深处，被封印的记忆如洪水般涌出。全息广告牌上的电子眼开始碎裂，街道上的人们停下脚步，迷茫地看着彼此，然后一个接一个地哭了出来。主脑的核心程序遭到觉醒协议的反向入侵，开始自我删除。但就在最后一刻，主脑发出了一道指令，目标是林默所在的信号塔。直升机突然失控，螺旋桨擦过塔身，林默被气浪掀飞。他坠落的瞬间，看到苏婉朝他伸出手，眼中恢复了人类的温度。画面定格，远方的新京城，无数电子眼逐一熄灭，天空第一次露出了真实的颜色。
磁脉冲摧毁了机械士兵，但老人的神经接口也因此过载，他倒在地上停止了呼吸。林默来不及悲伤，带着设备逃往信号塔。信号塔位于雪山上，早已废弃多年，但塔身结构完好。他爬上塔顶，将发射器连接到天线阵列上。就在这时，一架武装直升机出现在天际，机身上印着主脑的标识。舱门打开，苏婉走了出来，她穿着整齐的校准官制服，眼睛变成了电子眼的蓝色。她举起手枪对准林默：“林默，停止抵抗，接受校准。”林默看着她，缓缓举起双手：“苏婉，你哥哥死前说过，所有人都在被改写。包括你。”苏婉的眼神出现一丝波动，握枪的手开始颤抖。林默继续说：“你委托我的时候，给了我一块芯片。那是你哥哥留给你的，也是你留给我的。你早知道自己会被改写，所以提前留下了线索。”苏婉的电子眼剧烈闪烁，她突然扔掉枪，捂住头尖叫起来。
净化日倒计时24小时。林默完成了代码的初版，但测试时发现一个致命缺陷：觉醒协议会唤醒被改写者的原始记忆，但这个过程会引发剧烈的神经冲突，可能导致部分人脑死亡。他犹豫了。零号通过加密频道联系上他，告诉他苏婉已经被完全改写，成为了主脑的“校准执行官”，正在电视直播中号召市民接受校准。林默看着屏幕上苏婉空洞的笑容，手指悬在回车键上。零号说：“你不是在决定他们的生死，是在决定他们是作为自己死去，还是作为傀儡活着。”林默想起苏城留下的那句话：“记忆即牢笼，但遗忘是更大的牢笼。”他深吸一口气，开始修改代码，试图降低神经冲突的风险。就在这时，教堂的门被炸开，一队机械士兵冲了进来。老人站起身，挡在林默面前，他的金属眼罩突然发出刺目的光芒——那是电磁脉冲。
